消毒時除了應注意消毒方法及消毒劑本身的性質和特點外，還要注意使用方法和外界因素對消毒效果的影響。不論使用哪種消毒方法，其消毒效果均受諸多因素影響，掌握了這些因素并加以利用，能提高消毒效果，反之則可導致消毒失敗。影響醫院污水消毒劑消毒效果的因素主要有以下幾個方面：
　　1、微生物種類和數量。不同的微生物對消毒劑的抵抗力不同，同時微生物的多少也影響消毒結果。所以在消毒前要考慮微生物的種類和數量。一般情況下，環境中的微生物抵抗力由強到弱為：芽胞（堅固的胞壁酸）>無囊膜病毒>囊膜病毒>細菌。
　　2、環境濕度。濕度對熏蒸消毒的影響較大，濕度過高、過低都會影響消毒效果。用水沖完畜舍后不要立即熏蒸，需晾一段時間，待地面上無明顯積水但潮濕時進行。用甲醛或過氧乙酸氣體熏蒸消毒時，相對濕度60%～80%為宜。
　　3、消毒劑的濃度和作用時間。我們一定要結合實際情況使用相應稀釋濃度和作用時間的醫院污水消毒劑，切勿隨意加大稀釋倍數。
　　4、環境溫度。一般說，溫度越高效果越好，在冬季氣溫較低時消毒，盡可能的提高溫度2℃～3℃，以增強消毒效果，同時可降低消毒給動物造成的應激。
　　5、環境中酸堿度。pH的變化對于消毒效果的影響是很大的，當消毒液的pH由3升至8時，殺菌作用會被削弱。在酸性條件下，含氯消毒劑和碘消毒劑以及醛類消毒劑的消毒效果會得到響應程度的增強；而堿性條件下，火堿、生石灰等堿性消毒劑的消毒效果會增強。
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